Die Spionagetätigkeit von Maršálek soll bereits 1946 begonnen haben, wurde jedoch nach wenigen Monaten eingestellt. Dies begann erneut im Jahr 1961, als Maršálek noch Kriminalpolizist war, und dauerte bis 1970. Bereits in den 1950er Jahren gab es in Österreich den Verdacht, dass er Informationen an die Sowjets weitergegeben hatte, es gab jedoch keine konkreten Beweise.
Maršálek wurde 1941 von der Gestapo verhaftet, als er sich den Nazis widersetzte. Sein Buch „Die Geschichte des Konzentrationslagers Mauthausen“ gilt bis heute als Standardwerk zu den NS-Verbrechen im Konzentrationslager. Für seinen Einfluss auf die Erinnerungspolitik in Österreich wurde Maršálek 2001 das Ehrenzeichen für Verdienste um die Republik Österreich verliehen. Er starb im Dezember 2011.