Menschenrechtsorganisationen hingegen machen Suharto für Massenmorde, Folter und Korruption verantwortlich. Auch seine Familie soll große Mengen Staatsgelder angehäuft haben. Nach der Asienkrise 1997/1998 wurde er durch Massenproteste gestürzt. Suharto starb 2008, ohne dass für die Verbrechen seiner Herrschaft ein Gerichtsverfahren eingeleitet wurde.
Auch der amtierende Präsident steht in der Kritik
Präsident Prabowo selbst wird beschuldigt, in Suhartos letzten Jahren als General Menschenrechtsverletzungen begangen zu haben. Nach der Zeremonie, bei der Suharto und neun weitere Personen anlässlich des Nationalheldentags posthum geehrt wurden, äußerte er sich nicht öffentlich. Gefeiert wurde auch der frühere Präsident Abdurrahman Wahid, der von 1999 bis 2001 amtierte und viele repressive Gesetze des Diktators aufhob. Genauso wie der Gewerkschafter Marsinah, der 1993 während der Herrschaft Suhartos entführt und ermordet wurde, was das Setara-Institut als Widerspruch ansieht.